往波斯波利斯，但他的目的已经不再是去那里进一步请教祆教的教义，而是应巴耳馨的请求，去征服和控制祆教最大的信仰中心，制止查拉图斯特拉的继承者们继续在波斯全境内，对传统信仰和祭司进行的迫害。他对巴比伦的祆教祭司们说：『我尊重查拉图斯特拉的哲学思想，也从不打算消灭这种思潮，但是，你们将这些思想过度的包装，神话化那些本应停留在思辨阶段的概念，推高创始人的神性地位，并把这些所有强加在别人的身上，用这些手段去控制和cao纵那些淳朴的民眾，毫不保留地打压异己的意见，这一点是使我反感的。』巴耳馨公主留在巴比伦并不安全，于是她隐姓埋名，扮为亚歷山大的服侍者，成为随行人中的一员。亚歷山大从巴比伦出发，先到了苏萨，又从那里啟程向东进入山区，在狭小的险地靠着牧羊人提供的鲜有人知的迂回小径，在夜间向封锁山谷的敌军发动奇袭，才逆转了白天因大意而强行渡关时，遭到埋伏在山顶的敌人用滚落的山石进行的突然打击。亚歷山大渡过封锁的险境，波斯波利斯的守将就弃城而逃，将这座都城让给了征服者。然而，当亚歷山大进入城内的时候，发现远处的神庙和大殿都已经被城内的起义者点着，那些身上着火的祆教徒们在街上乱窜，痛苦地嘶喊和尖叫，用身体撞击着墙壁和地面。那些起义者中有波斯传统信仰的祭司团体和支持者，也有反对祆教重税压迫的普通民眾，他们听闻亚歷山大此行而来的目的是为了把他们从祆教的压迫和暴政中解放出来，就率先出击，打翻了圣殿中的火种，将那些用金色墨水书写在牛皮上的《阿维斯陀》和赞德注解的经卷丢到火中焚毁，将祆教徒绑在木头上烧死。他们高呼：『你们崇拜火，那何不与它相拥呢？！』

亚歷山大立即下令救火，直到天明之时，火势才被控制；然而，整座城市的一半已经化为废墟。而那些珍藏在档案库里的祆教经典也只剩下残破的碎片，一具具焦黑的尸体出现在城中各处。他十分后悔出征波斯波利斯，但一切为时已晚，他虽惩罚了那些起事者，也向那些倖存的祆教徒们道了歉。但在这次事件之后，他已经完全陷入了一种低沉和压抑的状态。亚歷山大的军队驻停在了距离那里不远的帕萨尔加德，他对巴耳馨说：『我从平定海拉斯叛乱以来，到入侵亚洲的整个过程，打着为父报仇的名义所做的所有事，在之前我的内心认为那是绝对正义的；在知道了关于你的故事以后，我开始动摇了这个想法，这次在波斯波利斯，无论我出征的藉口是否正确，无论这把火是不是我亲自放的，这场大火会被歷史铭记，毫无疑问，我是使它发生的最大推动者……『我的将领和士兵们以为我是为了领土和荣耀而战，而他们之所以跟随我也只是为了财富与地位……』他继续说，『没有人会真的相信我是为父亲復仇而战，更不会有人相信我是为了正义和真理而不断地前进着……我太累了，巴耳馨……也许我应该放弃了……向你的养父议和，请他回来继续做阿契美尼德的皇帝，我的将士不会反对，因为他们已经腰揣金银与珠宝，而我将带着我的士兵回到我的故乡去，归还自由给那些被马其顿控制的城邦，然后我将放弃王位，离开那里，云游四海，到世界的尽头去寻找这个世界的答案……』『无论你去哪儿，无论你做什么，我都会陪在你身边……亚歷山大……』巴耳馨依偎在男人的臂膀，『我的妹妹会继承我的职责，而我将和你一起浪跡天涯……』于是，议和信被寄往了北方的埃克巴坦那，但科多曼努斯怎么可能相信那曾经把他逼入绝境的亚歷山大会放弃自己的领土和王位，就这样把这个帝国还给他。他并未给出回信，继续在东部召集军队，坚壁清野，希望与亚歷山大在北方和东方再次决一死战；于是亚歷山大决定亲自前往米底亚，当面向科多曼努斯表明自己的决心和意愿。他的军队开始向西北折返，这让科多曼努斯以为亚歷山大开始追击他了，便向斯基泰人求助，然而在高加米拉战败之后，科多曼努斯的威信已大不如前，斯基泰人并未伸出援手，于是科多曼努斯则渡过了希尔卡尼亚的关口，继续向东逃跑；巴克特利亚总督贝苏斯见自己的皇帝如此落魄，便想取而代之，他连同其他贵族发动政变，将科多曼努斯拘禁；从贝苏斯处逃出来的，原属皇帝的海伦尼克雇佣军投奔了亚歷山大，通知了他这一情况。亚歷山大听闻贝苏斯将科多曼努斯挟持，连忙率领骑兵和轻装步兵亲自前往救援，甚至最后连夜急行军。到清晨的时候，一位马其顿士兵发现了被遗弃且已受重伤的科多曼努斯躺在河边，那时他已经濒临死亡，他向马其顿士兵要了一口水喝后，表达了他对亚歷山大仁慈对待他家人的感谢，而后逝世。不久，亚歷山大亲自赶到现场，他惋惜至极，脱下自己的斗篷来为死去的国王覆上。一场隆重的国葬在帝国的首都举行，按照亚歷山大的要求，科多曼努斯被葬在波斯波利斯的帝王陵。之后，亚歷山大开始追击僭位者贝苏斯，向科多曼努斯復仇，他率军向东讨伐，进入了帕提亚，然后向南追至阿利亚和德兰吉亚那，再向北进入阿拉霍西亚，穿过水之山进入巴克特里亚，并从那里继续向北进入粟特地区。直至极北的可萨提河畔，贝苏斯才被亚歷山大的大将托勒密逮到，并立即以